В небольшом американском городке, расположенном на месте древних пещер, происходит несчастный случай. Во время игры с товарищами маленький мальчик проваливается под землю. Прямо на глазах у его друзей внизу творится нечто необъяснимое: на полу пещеры собирается лужица из черного вещества, затем оно впитывается в кожу мальчика и, кажется, завладевает всем его существом. Со спустившимися внутрь пожарными происходит то же самое. На место происшествия приезжают таинственные люди, а спустя несколько дней в одном из правительственных зданий Далласа происходит мощный взрыв. Среди погибших находят тела мальчика и двух пожарных. За расследование дела берутся агенты ФБР Дана Скалли и Фокс Малдер.
Даллас, штат Техас. Бомба террориста уничтожает здание. В ходе расследования спецагенты ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли сталкиваются с тайным заговором, превосходящим по опасности все, что они до этого встречали. Рискуя собственной жизнью и карьерой, Малдер и Скалли делают все для уничтожения смертельного вируса, способного поразить все живое на Земле и, возможно, имеющего внеземное происхождение.
В этой погоне за правдой они выходят на таинственный синдикат, состоящий из могущественных людей, которые не остановятся ни перед чем ради сохранения своих секретов. Люди синдиката преследуют агентов в техасской пещере, штабе ФБР и на секретной базе в Антарктике, хранящей самый главный секрет…